截至2020年末，平谷区共有卫生机构268个，其中医院7个，医疗机构实有床位数2149张。卫生技术人员4239人，其中执业（助理）医师1761人，注册护士1638人。乡村医生和卫生员29人。甲乙类传染病发病数为773例。5岁以下儿童死亡率为2.92‰，比2019年增加0.1个千分点。